系统分类学(关于细菌分类学研究)

[论文关键词]:细菌；分类方法；趋势[论文摘要]:简要论述了对研究菌分类学的目的。详细介绍了对，分类学研究中的异质性分类方法，包括经典分类、化学分类、分子分类和数值分类，为临床和科研中细菌鉴定方法的选择和应用提供参考。同时，简要总结了对分类学发展的研究趋势。1.精细菌分类学研究的目的：原核微生物分类学是微生物多样性及其关系科学研究的基础学科。细菌是原核微生物的重要成员，目前对优良菌分类学的研究主要从两个方面进行。首先，根据实际需要，建立各种细菌的数据库，以便更有效地开发和利用细菌资源，有效地控制有害细菌。多种细菌是微生物活性物质的重要来源。包括假单胞菌属、微球菌属、芽孢杆菌属、肠杆菌属、假单胞菌属等。早在1966年，伯克霍尔德就从溴化假单胞菌中分离出抗生素吡咯烷[2]。二是建立反映细菌进化关系的自然分类体系，揭示各种细菌的本质特征和相互关系，丰富生物多样性研究的内容。2.精细菌分类学研究方法多相分类是目前广泛使用的精细菌分类学方法。在方法上，主要包括以下几个方面。2.1经典分类：经典分类主要是指基于形态特征、生理生化特征和其他表观遗传学指标的分类学研究，是多相分类研究的基础。2.2化学分类化学分类是根据生物细胞中某些特定化学物质的特征对对个体生物进行分类的方法，是细菌属划分的主要特征之一。目前常用的化学适应症包括以下几种。2.2.1磷酸盐脂质的分析磷酸盐脂质与蛋白质和糖一起构成细胞膜，对在物种运输、代谢和维持正常渗透压方面发挥重要作用。有五种具有分类学意义的磷酸盐类脂：聚乙烯、聚碳酸酯、PME、聚磷酸酯和葡萄糖。2.2.2脂肪酸组分分析脂肪酸的链长、双键位置和数量以及取代基在细菌中具有分类学意义。脂肪酸的定性分析结果仅限于属及以上的分类；脂肪酸的定量分析结果可以为种和亚种的分类提供有用的基础数据。2.2.3 SDS-PAGE是全细胞蛋白质电泳分析的高度标准化方法，是对对大量密切相关的菌株进行比较和分类的有效方法。研究证明，全细胞蛋白质组分与DNA-DNA杂交之间有很好的相关性[3]。这种方法用于研究物种或物种以下的分类单位。2.3分子分类分子分类是在分子水平上对对生物个体的DNA、RNA和蛋白质进行研究和分类的方法。目前，常用的分子适应症包括以下几种。2.3.1克碳摩尔%%克碳摩尔%的测定主要用于验证所建立的分类关系是否正确。一般来说，种内品系间g/c摩尔%的差异不超过4%，种内品系间的差异不超过10%。2.3.2脱氧核糖核酸同源性分析分析脱氧核糖核酸同源性的有效方法是脱氧核糖核酸-脱氧核糖核酸杂交，它适用于物种水平的分类学。1987年，国际系统细菌学委员会规定，DNA同源性 70%是细菌物种的界限。常用的核酸杂交方法包括液相复性速率法和固相膜杂交法。2.3.3基于脱氧核糖核酸的分型方法基于脱氧核糖核酸的分型方法是指能够将物种分为不同类型的技术。其中，早期RFLP的缺点是地图复杂且难以比较。LFRFA被认为是目前分辨率最高的DNA分型方法之一，它可以通过使用特定的限制性酶来大大减少DNA片段的数量

该方法分辨率高，重现性好，在一定程度上与16S rRNA基因序列比较结果一致，可作为一种快速鉴定方法[4]。2 . 3 . 4 rRNA的同源性分析现在普遍认为rrnA是研究系统发育关系的最佳材料。它广泛存在，功能稳定，由保守区和可变区组成。首先，人们通过rRNA-DNA杂交和寡核苷酸编目间接研究了rRNA的同源性。脱氧核糖核酸-核糖核酸杂交反映了属及以上的信息[5]。研究rRNA同源性最直接、最可靠的方法是rRNA核苷酸序列分析。目前，16S rRNA序列分析是应用最广泛的。2.3.5特异性引物聚合酶链反应16S rRNA特异性引物的设计是基于大量的序列分析。如果能设计出一系列特异性引物，菌株筛选过程将大大简化。物种特异性引物主要用于鉴定，当与属特异性引物结合时，可能发现新的物种。3.精细菌分类学发展趋势研究未来，精细菌分类学的发展将集中在以下几个方面：(1)分析方法的标准化。研究表明，细菌的脂肪酸、磷脂和醌的组成和含量随着培养条件的变化而变化[71]。因此，化学分类必须建立一个标准化的方法，使量化更有意义，更准确和更具可比性。(2)多相分类方法的广泛应用和分子分类的发展。由于各种分子生物学技术在分类学上的应用，菌分类学科的研究重点不仅是对对，的一个分类单元进行分类和鉴定，而且是通过分子分类将分类和进化紧密结合起来。未来几年，16S rDNA/rRNA作为一种重要的系统发育分子仍将发挥主导作用，但其他保守分子将更多地用于系统发育研究，如RNA聚合酶P、基因、延伸因子Tu、23S rDNA/rRNA、rDNA内部转录间隔区等。(3)“在线分类”的发展现代细菌分类研究越来越依赖于互联网。我们不仅需要大量的分子生物学和系统发育分析软件，还需要互联网上丰富的信息资源。因此，柳文欢和斯塔克布兰特在2002年提出了原核生物“在线分类学”的概念[6]。(4)分类学研究与细菌资源研究的结合许多科研机构都重视系统分类与细菌资源开发研究的结合，如日本，理化研究所北理研究所、明治制药等。