分子流行病学研究内容( 台湾东部耐多药结核病的分子流行病学研究 )
台湾于2007年5月启动了耐多药结核病项目。从2007年5月至2009年2月，在台湾东部登记了77名耐多药结核病患者，其中73名患者(93%)使用间隔区寡核苷酸基因分型和MIRU-VNTR从基因分型获得分离株。spoligotyping分析结果表明，北京基因型是主要的流行基因型。在45名基因型聚集的患者中，发现21名患者有流行病学联系。台湾东部耐多药结核病患者聚集率高；间隔区寡核苷酸基因分型；传播；MIRU-VNTR 1型结核病是台湾最普遍的疾病。2006年，台湾的结核病登记率为每10万人中67人
4例，但在台湾，东部，登记率要高得多，达到114.1例/10万人口
1 2007年5月，台湾疾病控制中心启动了一个旨在管理耐多药结核病的项目，其中耐多药结核病指的是至少在对，异烟肼和利福平的耐药性。截至2009年3月，登记了412名耐多药结核病患者。在412名耐多药结核病患者中，77人(18.6%)来自台湾，东部，总面积8 142平方公里，仅占台湾总人口的2%(2006年人口普查结果)。从2001年到2002年，台湾东部新患者中耐多药结核病的患病率为2.1%，但从2004年到2008年，该患病率上升至4.0%(未公布的数据)。该地区耐多药结核病的高负担可能是由于结核病治疗不当或耐药菌株的传播导致的获得性耐药性。本研究的目的是将间隔区寡核苷酸基因分型和miru-vntr(分枝杆菌分散重复单元-可变数目的串联重复序列)基因分型技术一起应用。为了研究耐多药结核菌株和主要流行基因型4和5在台湾，东部的传播，这两种技术的结合具有与IS6110-RFLP(基于插入序列6110的限制性片段长度多态性)相当的分辨率。
方法2007年5月至2009年2月，纳入台湾东部耐多药结核病项目的所有耐多药结核病患者均参加本研究。从每个耐多药结核病患者身上采集1份痰样本。根据上述方法进行痰标本处理、接种和药敏试验。包括24个高度可变位点的一套MIRU-VNTR技术的光分型和扩增被用作鉴定耐多药结核菌株中聚集菌株的第一线分子手段。如果使用两种方法来获得不同分离株的共同指纹，则属于相同基因型簇的菌株将被识别，这可用于促进最近的传播。在对，由经过培训的公共卫生护士对具有相同基因型群集菌株的患者进行咨询。如果具有共同基因型的患者相互认识，则认为存在流行病学联系。皮尔逊2检验用于分析数据，结果明确，P0 05具有统计学意义。本研究得到了台湾筑地总医院机构审查委员会的批准。由于本研究是台湾，疾控中心组织的官方调查，因此无需签署知情同意书。
结果纳入研究的77例患者中，分枝杆菌文化阳性者73例(94%)，基因分型可进一步研究。患者特征通过填写专门设计的问卷获得，结果见表1。对59名患者进行了人类免疫缺陷病毒筛查，血清学结果均为阴性。另有14名患者拒绝接受艾滋病毒筛查。Spoligotyping研究发现北京基因型是主要的流行基因型(n=48，66%)，其次是哈勒姆H3基因型(n=15，21%)，T1基因型(n=3，4%)和东非洲印第安人2 MANILILLA基因型(n=1，1%)。6个(8%)分离株与SpoIDB4数据库中的任何Spoligoty- ping基因型不匹配。利用MIRU-VNTR 分型法，27个分离株具有独特的基因型，46个菌株被聚类(包括10个聚类)。通过使用Miru-VNTR 分型，有一个菌株属于聚类9，但是对分型的spoligotyping表明它是一个独特的基因型，因此在本研究中该菌株不被归类为聚类菌株(图1)。同时，28个(38.4%)菌株被鉴定为独特基因型，45个(61.6%)菌株被聚类(分成10个聚类)。假设每个群集中有一个菌株是传染源，该群集中的其他菌株通过传染源传播，47.9%(45-10)/73)的耐多药结核病患者是由感染引起的。
黑曼巴 